компфіз

Інститут теоретичної фізики ім. М.М. Боголюбова НАН України та Київський академічний університет запрошує взяти участь в Школі-семінарі з комп'ютерної фізики ДНК!

В рамках Школи-семінара будуть прочитані лекції, з яких ви дізнаєтеся більше про структуру подвійної спіралі ДНК і методи, якими можна моделювати її фізичні властивості на різних рівнях молекулярної організації. Разом з лекціями проходитимуть практичні заняття, де ви зможете навчитися самостійно запускати молекулярно-динамічні симуляції на обчислювальному грід-кластері Інституту теоретичної фізики ім. М.М. Боголюбова НАН України (ІТФ).

Zoom для лекцій
Идентификатор конференции: 966 7413 5912  Код доступа: 273542

 

 Програма лекцій

реєстр

 

ПРОГРАМА

 

Середа, 17 травня 2023

10:00

Відкриття школи-семінару

10:00

С.М. Перепелиця “Метод класичної молекулярної динаміки в моделюванні властивостей молекули подвійної спіралі ДНК” ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України

11:30

С.Я. Свістунов “Принципи роботи HPC на прикладі комп’ютерного кластеру ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України” ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України

13:00

Перерва

15:00

17:00

Практичні заняття «Основи роботи в програмі візуалізації біологічних молекул VMD і застосування для методу молекулярної динаміки» Викладачі – Викладачі – Т.Л. Бубон, С.М.Перепелиця

 

Четвер, 18 травня 2023

10:00

Francesca Mocci 

“Coarse graining and multiscale modeling of DNA” 

University of Cagliari (Cagliari, Italy)

11:30

Т.Л. Бубон “Молекулярно-динамічні моделювання колективної динаміки іон-гідратної оболонки подвійної спіралі ДНК” 

ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України

13:00

Перерва

15:00

17:00

Практичні заняття «Молекулярно-динамічні симуляції ДНК на комп’ютерному кластері » Викладачі – Т.Л. Бубон, С.М.Перепелиця

 

П’ятниця, 19 травня 2023

9:00

О.О. Здоревський “Моделювання біохімічних процесів за допомогою гібридних квантово-механічних/молекулярно-механічних (QM/MM) методів в рамках програмних пакетів NAMD та ORCA” Університет Гельсінкі (Гельсінкі, Фінляндія)

10:30

Перерва

11:00

13:00

Практичні заняття «Аналіз даних молекулярно-динамічних симуляцій для двоспіральної ДНК» Викладачі – Т.Л. Бубон, С.М.Перепелиця

13:00

Перерва

14:30

П.П. Канєвська “Перспективи R програмування в молекулярній динаміці ДНК”

17:00

Закриття семінару