Інститут теоретичної фізики ім. М.М. Боголюбова НАН України та Київський академічний університет запрошує взяти участь в Школі-семінарі з комп'
В рамках Школи-семінара будуть прочитані лекції, з яких ви дізнаєтеся більше про структуру подвійної спіралі ДНК і методи, якими можна моделювати її фізичні властивості на різних рівнях молекулярної організації. Разом з лекціями проходитимуть практичні заняття, де ви зможете навчитися самостійно запускати молекулярно-динамічні симуляції на обчислювальному грід-кластері Інституту теоретичної фізики ім. М.М. Боголюбова НАН України (ІТФ).
Zoom для лекцій
Идентификатор конференции: 966 7413 5912 Код доступа: 273542
Програма лекцій
ПРОГРАМА
Середа, 17 травня 2023 |
|
10:00 |
Відкриття школи-семінару |
10:00 |
С.М. Перепелиця “Метод класичної молекулярної динаміки в моделюванні властивостей молекули подвійної спіралі ДНК” ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України |
11:30 |
С.Я. Свістунов “Принципи роботи HPC на прикладі комп’ютерного кластеру ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України” ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України |
13:00 |
Перерва |
15:00 17:00 |
Практичні заняття «Основи роботи в програмі візуалізації біологічних молекул VMD і застосування для методу молекулярної динаміки» Викладачі – Викладачі – Т.Л. Бубон, С.М.Перепелиця |
Четвер, 18 травня 2023 |
|
10:00 |
Francesca Mocci “Coarse graining and multiscale modeling of DNA” University of Cagliari (Cagliari, Italy) |
11:30 |
Т.Л. Бубон “Молекулярно-динамічні моделювання колективної динаміки іон-гідратної оболонки подвійної спіралі ДНК” ІТФ ім. М.М. Боголюбова НАН України |
13:00 |
Перерва |
15:00 17:00 |
Практичні заняття «Молекулярно-динамічні симуляції ДНК на комп’ютерному кластері » Викладачі – Т.Л. Бубон, С.М.Перепелиця |
П’ятниця, 19 травня 2023 |
|
9:00 |
О.О. Здоревський “Моделювання біохімічних процесів за допомогою гібридних квантово-механічних/молекулярно-механічних (QM/MM) методів в рамках програмних пакетів NAMD та ORCA” Університет Гельсінкі (Гельсінкі, Фінляндія) |
10:30 |
Перерва |
11:00 13:00 |
Практичні заняття «Аналіз даних молекулярно-динамічних симуляцій для двоспіральної ДНК» Викладачі – Т.Л. Бубон, С.М.Перепелиця |
13:00 |
Перерва |
14:30 |
П.П. Канєвська “Перспективи R програмування в молекулярній динаміці ДНК” |
17:00 |
Закриття семінару |